Star Wars: A Guerra dos Clones se passa entre os episódios 2 e 3 dos filmes com atores.
No longa, todo feito com personagens de desenhos animados, o filho de Jabba The Hutt é levado por um grupo rebelde. Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker são enviados para tentar o resgate e para descobrir quem está por trás do seqüestro.